最后一场战斗已经过去两年了，世界各地已经恢复了和平。然而，当怪物再次开始出现在地球上时，事情并没有平静多久。与此同时，一系列神秘的闯入事件发生在世界各地的超级古代遗迹中。GUTS-SELECT团队由新队长带领，准备展开调查。殊不知，这是一场生死未卜的激战之始。GUTS-SELECT和泽塔奥特曼在真中剑悟的带领下加入战斗。一个邪恶的身影从阴影中出现：邪恶特利迦，一个继承暗影的邪恶巨人。为了让大家再次展露微笑，特利迦奥特曼和泽塔奥特曼的人间体夏川遥辉与GUTS-SELECT的新成员以及黑暗特利迦的人间体伊格尼